Cmentarz znajduje się na Paseo de la Ermita del Santo 78. Został on zaprojektowany przez Jose Llorente i zbudowany w 1811 roku. Należał do pustelni San Isidro, która została zbudowana dzięki wpływowi Królowej Portugalii Izabeli w XVI wieku.
W 1902 r. Stowarzyszenie Pisarzy i Artystów zbudowało panteon chroniący prochy wybitnych postaci ze świata kultury. Spoczywają tu między innymi José de Espronceda, Mariano José de Larra Eduardo Rosales, Leandro Fernández de Moratín Ramón Gómez de la Serna. Ze względu na to, że było to miejsce pochówku preferowane przez wielu szlachciców, polityków lub artystów możemy tu znaleźć groby ważnych osobistości wykonanych przez znanych rzeźbiarzy. Cmentarz San Isidro jest uważany za jeden z najważniejszych cmentarzy w Europie.